Ученые ищут происхождение SARS-CoV-2 (вируса, вызывающего COVID-19) с момента начала пандемии. Ранние отчеты предполагали, что новый вирус зародился в организме летучих мышей, затем перешел к промежуточным млекопитающим (возможно, к панголину), а затем к человеку. Хотя исследователям еще предстоит точно определить точную траекторию, по которой вирус попал к нам, они предполагают, что он, скорее всего, зародился в организме летучих мышей и ему не нужно было проходить через промежуточные виды, чтобы попасть к нам. Теперь исследование, опубликованное вчера в журнале Nature Microbiology, предполагает, что вирусная линия, ведущая к новому коронавирусу-SARS-CoV-2, могла "циркулировать незамеченной среди летучих мышей в течение десятилетий". Если это правда, то исследование намекает на острую необходимость более тщательного мониторинга мест соприкосновения человека и животных, где могут распространяться зоонозные заболевания.
"Цель этого анализа - выяснить, есть ли у коронавируса SARS-CoV-2 родные братья и сестры или другие подобные вирусы, циркулирующие где-либо", - говорит автор исследования Мацей Ф. Бони, профессор биологии в Пенсильванском университете. Если есть близкие родственники, Бони и другие исследователи могли бы сравнить их геном с SARS-CoV-2, чтобы лучше понять, как давно существует SARS-CoV-2".
Бони и его коллеги сравнили SARS-CoV-2 с другим вирусом, отобранным у подковоносых летучих мышей в 2013 году, который относится к тому же подроду, известному как сарбековирусы. Используя несколько методов генетического секвенирования, они смогли определить, что другой вирус, RaTG13, и SARS-CoV-2 произошли от общего предка 40-70 лет назад. Они также провели анализ нескольких сарбековирусов, обнаруженных у панголинов, которые, по их мнению, также произошли от летучих мышей. Они тоже кажутся родственными.
Если вокруг больше вирусов, живущих в популяциях животных, таких как летучие мыши или панголины, то вполне возможно, что они могут перейти и к человеку. И, учитывая этот анализ, "вполне вероятно, что существуют другие линиджи, спокойно циркулирующие в организме летучих мышей", - говорит Бони. "И также вполне вероятно, что эти линиджи обладают способностью заражать человеческие клетки".
Выяснить все это было нелегко, говорит он. Поскольку коронавирусы являются высоко рекомбинантными, что означает, что они получают свой генетический материал из многих различных источников за относительно короткий период времени, исследователям приходится проделывать много дополнительной работы, чтобы выяснить, откуда берутся их генетические особенности. Бони и его коллеги должны были понять, какие части вирусного генома связаны с вирусом-прародителем летучей мыши, а затем изучить их в изоляции от другого генетического материала.
Обычно, когда ученые проводят подобный анализ, у них могут быть сотни образцов, относящихся к прошлому, которые могут наглядно показать, как развивался вирус. Но у команды Бони было всего 68 последовательностей сарбековируса.
Это означает, что результаты данного конкретного исследования не могут рассказать всю историю эволюции вируса, говорит Шинг Жань, докторант Университета Британской Колумбии. Если в будущем будет найдено больше образцов, история может радикально измениться. Но "это даст нам ключ к разгадке того, через какой интерфейс между людьми и животными перескочил этот вирус", - говорит он, и это самый полный анализ на сегодняшний день.
Исследование также демонстрирует трудности поиска и отслеживания потенциально опасных для пандемии вирусов, возникающих у диких животных, пишут исследователи. "Это подчеркивает необходимость создания глобальной сети систем наблюдения за заболеваниями человека в режиме реального времени... с возможностью быстрого развертывания геномных инструментов и функциональных исследований для идентификации и характеристики патогенов".
Кроме того, в статье высказывается предположение, что между летучими мышами и человеком, возможно, не было промежуточного хозяина, как предполагали предыдущие исследования. "С самого начала этой пандемии Китай искал промежуточного хозяина", - говорит Алина Чан, постдокторский научный сотрудник Бродского института Массачусетского технологического института. По ее словам, чаще всего называются панголины, и хотя SARS-CoV-2 может заражать как панголинов, так и людей, он также может заражать людей непосредственно от летучих мышей, что означает, что панголины не были необходимы для передачи болезни, хотя все еще возможно, что они были переносчиком, через которого болезнь попала к людям.
Идея промежуточного хозяина обсуждалась много раз, говорит Чан. Но тот факт, что он так и не был идентифицирован, "вызывает много вопросов", - говорит она. "Я думаю, что эта статья позволяет найти ответы на некоторые из них".