В середине февраля команда из Института Пастера во Франции загрузила геном вируса SARS-CoV-2 со странной родословной в глобальную эпидемиологическую базу данных. Как объяснил один ученый на форуме, используемом для выявления новых вариантов, вирус, заразивший пожилого мужчину на севере Франции, имел общее "тело" с Delta, но генетическую информацию для большинства своих белков-шипов позаимствовал у Omicron. Исходя из стандартного соглашения о наименованиях, новый тип COVID, если он сохранится, скорее всего, будет назван "XD". Общественность называет его "Дельтакрон".
Месяц спустя вторая группа опубликовала собственные предварительные данные о том, что три аналогичных случая появились в США во время пика всплеска Омикрон, между ноябрем 2021 и февралем 2022 года.
SARS-CoV-2 и раньше создавал гибриды, в основном с участием варианта Alpha. Но ни один из них не привел к широкомасштабным вспышкам, а вместо этого исчез перед лицом новых эволюционировавших штаммов.
Организмы обмениваются генетическим кодом с удивительной регулярностью - вирусы гриппа, например, имеют модульную структуру, которая позволяет им обмениваться друг с другом целыми сегментами. Если человек заражается двумя штаммами вируса COVID одновременно (что редко, но возможно, когда миллионы людей заболевают), патогены могут пройти через процесс, называемый "рекомбинацией", в процессе репликации, оставляя кусочки себя внутри другого.
В большинстве случаев такой обмен в стиле "Чумовой пятницы" приводит к гибели вируса. Но нередко в рекомбинанте остается достаточно частей, чтобы выжить и продолжать распространяться, что, по-видимому, и произошло во французском случае "XD", который сейчас на слуху.
Почему вы, вероятно, уже слышали о "Дельтакроне".
В начале этого года Bloomberg и другие новостные издания трубили о возможности появления на Кипре штамма "Дельтакрон". Эти заголовки были развенчаны, хотя гибридные варианты COVID остались возможными.
Репортаж основан на интервью, показанном местным телеканалом. Леондиос Кострикис, микробиолог из Университета Кипра, сказал, что в его лаборатории были выявлены случаи варианта Дельта с несколькими блуждающими мутациями, похожими на те, что наблюдались на Омикрон.
Другие ученые, включая одного из представителей Всемирной организации здравоохранения, поспешили заявить, что хотя рекомбинация возможна, это не тот случай. Проблема заключалась в генетических данных, которые, по мнению многих сторонних наблюдателей, свидетельствовали о перекрестном загрязнении между образцами. Другими словами, кипрская лаборатория могла одновременно секвенировать отдельные вирусы Омикрон и Дельта, а не их гибрид.
В январском интервью журналу Nature Кострикис заявил, что его слова были неверно истолкованы, и что он не считает вирусы настоящим гибридом. Он объяснил, что черты, похожие на дельта- и омикрон, в секвенированном им варианте могли появиться в результате конвергентной эволюции - подобно тому, как у летучих мышей и птиц есть крылья. Он также утверждал, что его образцы не были заражены, и изъял их из открытой базы данных в ожидании подтверждения его выводов другими экспертами.
Но было и другое, более простое объяснение, чем перекрестное загрязнение: Иногда вирусы просто разделяют горстку перекрывающихся мутаций. Последовательности с признаками нескольких вариантов "загружаются постоянно", - сказал тогда в интервью Nature Томас Пикок, изучающий эволюцию вирусов в Имперском колледже Лондона. "Но, как правило, людям не приходится их развенчивать, потому что о них не пишет международная пресса".
Это опять поддельный "Дельтакрон"?
Ученые гораздо более уверены в том, что новый штамм из Франции является настоящим рекомбинантом. Данные генетического секвенирования чище, а команда Института Пастера сообщает, что она вырастила вирус в лаборатории, что свидетельствует о том, что он не является продуктом перекрестного загрязнения.
Но если новый вариант объединяет генетический материал двух штаммов, это не значит, что в реальной жизни он будет сочетать их худшие черты. Дельта и Омикрон - очень разные вирусы: Они по-разному вторгаются в человеческие клетки и, по-видимому, разработали разные стратегии для обхода иммунной системы человека. Совершенно неясно, что смешивание и сопоставление двух независимо эволюционировавших наборов мутаций улучшит вирус, а не просто создаст хаотичную мешанину. Омикрон удивил вирусологов отчасти потому, что он использовал странный набор адаптаций для "разблокировки" ключевого рецептора на клетках человека, чтобы вторгнуться в них. По отдельности каждая мутация могла бы ухудшить работу вируса, но вместе они оказались чрезвычайно эффективными.
С тех пор как в прошлом месяце был диагностирован случай заболевания "дельтакроном", исследователи выявили около 30 подобных случаев, распространенных по Франции, Нидерландам и Дании. (Однако неясно, являются ли все эти случаи следствием одной и той же инфекции). Этого достаточно, чтобы предположить, что рекомбинант способен распространяться. Тем не менее, учитывая, что в настоящее время в Европе наблюдается новый всплеск случаев заболевания COVID, потребуется гораздо больше, чем 30 случаев "Дельтакрона", чтобы доказать, что гибрид представляет большую угрозу, чем вирус, который уже находится перед нами.